03.09.2014 - Neue Werkzeuge zur Erforschung von Genaktivität etabliert


Die Aktivität von Genen spricht auf Krankheiten und Therapien an und ist daher von zentralem Interesse in der biomedizinischen Forschung. Forscher vom Institut des Chair of Bioinformatics der Universität für Bodenkultur Wien (BOKU) haben jetzt - zusammen mit der U.S. Food and Drug Administration (FDA) – neue Richtlinien zur Sequenzierung der nächsten Generation erarbeitet, die eine verlässliche Messung von Genaktivitäten auch in verschiedenen Labors erlauben. Damit werden bestehende Technologien ergänzt, um klinische und pharmazeutische Forschung und auch die individualisierte Medizin zu unterstützen.

Die kommende  Sonderausgabe des renommierten wissenschaftlichen Journals Nature Biotechnology präsentiert eine Reihe von Referenzstudien der U.S. Food and Drug Administration, die Werkzeuge zur Messung von Genaktivitäten untersuchen.  Forscher der BOKU halfen wesentlich bei der Bestimmung optimaler Verfahren, damit die Sequenzierung der nächsten Generation auch in verschiedenen Labors reproduzierbare Meßergebnisse liefert. „Die Reproduzierbarkeit von Analysen formt die Basis jeglichen wissenschaftlichen Fortschritts, da sie erst Anderen erlaubt, Behauptungen zu prüfen und Ergebnisse zu kombinieren,” so Dr. David Kreil, Professor für Bioinformatik an der BOKU und Leiter der vergleichenden Analysen des Konsortiums. „Ohne reproduzierbare Analysen gäbe es auch keine effektive Entwicklung neuer Medikamente oder Therapien, und keine verlässliche individualisierte Medizin.“ Das erklärt das Interesse regulierender Agenturen, wie der FDA. Die FDA hat über 150 Forscher aus 12 Ländern zusammengebracht, um die neuesten Werkzeuge zur Messung von Genaktivitäten zu testen, und Ergebnisse von verschiedenen Labors und Meßtechnologien zu vergleichen. Neben der Reproduzierbarkeit wurden auch Genauigkeit und Informationsgehalt untersucht. “Messungen basierend auf der Sequenzierung der nächsten Generation, verglichen mit Microarray-Technologien, zeigen unterschiedliche Stärken, wobei die rivalisierenden Systeme einander ergänzen,” so Dr. Paweł Łabaj, Mitarbeiter des Chair und Erstautor in zwei der Studien.

Die Studien warfen aber auch neue Fragen auf: „Wir fanden beispielsweise tausende neue Schnittstellen für den Zusammenbau von Genen bestätigt durch unabhängige Messungen. Aber haben Sie eine Funktion? Und welche? Nur weitere Analysen werden das klären können,” so Kreil. Das Forscherkonsortium setzt seine Arbeit im November in Shanghai fort.

Für weitere Informationen wenden Sie sich bitte an: 
Dr. David Kreil, david.kreil@boku.ac.at, 01 /47654-6830/6200(direkt/Büro)

Links
http://www.bioinf.boku.ac.at/
http://www.fdaseqc.org/
http://www.fda.gov/
http://www.nature.com/nbt/